若对有机废气的净化率要求很高，则可采用两种方法：一种是延长循环时间的操作方法，但这样会使热速率降低；另一种常用的方法是增加一台冲洗用蓄热室，即采用三室rto装置。
三室蓄热催化燃烧rto的工作流程如下：
一、待处理有机废气进入1号蓄热室的陶瓷蓄热体（该陶瓷蓄热体储存了上一循环的热量），陶瓷蓄热体放热降温，而有机废气吸热升温，废气离开蓄热室后以较不错的温度进入氧化室，此时废气温度的高低取决于陶瓷体体积、废气流速和陶瓷体的几何结构。有机废气在氧化室中由燃烧器加热升温至设定的氧化温度，使其中的VOCs成分分解成二氧化碳和水。由于废气已在蓄热室内预热，燃料耗量大为减少。氧化室有两个作用：一是确定废气能达到设定的氧化温度；二是确定有足够的停留时间使废气中的VOCs充足氧化。
二、废气在氧化室中焚烧，成为净化的高温气体后离开氧化室，进入2号蓄热室（在前面的循环中已被冷却），放热降温后排出，而2号蓄热室吸收大量热量后升温（用于下一个循环加热废气）。净化后的废气经烟囱排入大气，同时引小股净化气清扫3号蓄热室。排气温度比进气温度高50℃左右。
三、循环完成后，进气与出气阀门进行一次切换，进入下一个循环，废气由2号蓄热室进入，3号蓄热室排出。在切换之后，清扫1号蓄热室。如此交替。
三室RTO装置可用于小到中等的废气流量。如果处理的废气流量很大时，还用三室有问题，起先，切换阀门相应也要做得很大，大阀门难以做得优良；其次，当蓄热室容积太大时，不能确定气流的均匀分布而影响传热效果。因此，当废气流量很大时（一般大于60000m3/h），应过渡到五室RTO装置，即两个两室并联加上一个室用于冲洗。为了使燃烧室的温度达到均匀，在顶部相连的燃烧室中，可设置两个以上的燃烧器。同样，当处理量愈大时，可用七室，两个三室并联加上一个冲洗室；为适应负荷的变化，在七室相连通的顶部可设置两组燃烧系统，每组有三个燃烧器（1、3、5为一组和2、4、6为一组）。
一种三室RTO废气焚烧炉反吹风工艺，包括三室RTO处理、RTO风机处理及排气处理，三室RTO处理设备为三室RTO装置，RTO风机处理设备为RTO风机，排气处理设备为排气筒，三室RTO装置的出风口连接RTO风机的入口，RTO风机的出入口连接排气筒的入口，风量Q1从三室RTO装置的进风口吹入，从三室RTO装置吹出的Q1进入RTO风机，从外界引新风Q3入三室RTO装置，Q3经过三室RTO装置吹入RTO风机与风量Q1汇合形成Q2从RTO风机吹出，风量Q2经过排气筒排出，其中所述新风Q3通过反吹风工艺吹入三室RTO，该反吹风工艺通过反吹风机实现，新风从反吹风机的入口吹入，反吹风机的出入口连接三室RTO装置，在反吹风机与三室RTO装置之间设置有风阀。
在VOC治理领域，当前，设计三室RTO催化燃烧炉的风机时，一般仅仅在废气出入口设置一台引风机，此风机既可做为三室RTO的主风机使用，又可做为反吹风机使用。Q1＝15000m3/h，Q2＝13500m3/h，Q3＝1500m3/h，Q1＝Q2+Q3，Q3作为反吹风回到三室RTO中，用来吹扫上一燃烧过程的残留废气；Q2作为多余的风通过烟囱排放至大气。Q2和Q3两个风量对应的风压也不同，两个管路的风压和风量通过风阀1和风阀2进行调节。这样做既可以节省设备投资，又可以节省单设置一台反吹风机的费用。
但是，通过一台风机既要实现引风（RTO主风机的作用），又要实现送风（反吹风机的作用），换言之，通过一台风机既要实现调节RTO炉内的热平衡和风压风量平衡，又要确定送风的效果，从风压控制和风量控制角度讲，通过一台风机和两个风阀控制RTO炉的正常工作比较困难，至少需要30天的处理时间，处理效果还不肯定达标。
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